Standart bir tüp bebek tedavisi birbiri ile bağlantılı olan ve çok dikkat ile organize edilmesi gereken farklı aşamalardan oluşmaktadır. Her bir aşamanın sonucu, ardından gelen aşama için bir başarı kıstası olarak kabul edilir. Sırayla yumurtalıklar uyarılır, takiben yumurtalar toplanır, sperm ile birleştirilir ve transfere hazır embriyo haline getirilir. Artık son aşama olan ve gebelik oluşturma potansiyeli en yüksek kalitedeki embriyo ya da embriyolar, hazır olan döl yatağına özel bir kateter yardımı ile yerleştirilir. Embriyo transferi denilen bu işlem tüp bebek tedavisinin en önemli basamağıdır. Genellikle ortalama 100 hücreye ulaşan blastosist transferi tercih edilir. Ne kadar yüksek kaliteli bir embriyo elde edilirse edilsin, işlem esnasında embriyonun anne rahmine minimal bir travma oluşturularak yani embriyonun rahime tutunacağı ortamı mümkün olduğu kadar bozmadan gerçekleştirilmesi başarılı bir tedavi için en önemli anahtardır.

Hasta embriyo transferi öncesi idrara sıkıştırılır. Böylece işlem esnasında kateterin rahim içinde ilerleyişi ikinci bir kişi tarafından karından yapılan ultrason ile takip edilebilir. Embriyonun transferi, döllenmeden sonraki ikinci günden beşinci güne kadar herhangi bir günde yapılabilmektedir. Transfer zamanı, embriyo kalitesi, gelişen embriyo sayısı, hastanın yaşı, genetik tanı yapılıp yapılmaması gibi durumlar göz önünde bulundurularak kararlaştırılır. Bu arada transfer edilecek embriyo ya da embriyolar 4 saat önceden kontrol edilir ve transfer için hazır hale getirilir.

Hasta tüp bebek merkezinde operasyon odasına alınır, jinekolojik masaya muayene olacakmış gibi hazırlanır. Vajinal spekulum yerleştirilir. Vajinal bölge ve dış bölge steril serum fizyolojik ile ıslatılmış kare gazlarla temizlenir. Rahim ağzında varsa sekresyonlar uzaklaştırılır. Ultrason eşliğinde önce hekimin tercihine bağlı olarak deneme kateteri ile rahim içine giriş yapılır. Böylece transferin zor ya da kolay olacağı önceden denenmiş olur. Artık transfer için hasta, hekim ve embriyolog hazırdır. Embriyo içeren kateter yavaşça batından yapılan ultrason eşliğinde rahim içine doğru rahim ağzından girilerek yönlendirilir ve yavaşça rahim içine bırakılır. Takiben transfer kateteri yavaşça geri çekilir ve embriyonun rahim içine bırakıldığından emin olmak için kontrol edilir. Tüm bu işlemler 10-15 dakika sürer, ağrısızdır ve hastaya herhangi bir anestezik madde verilmez. İşlem sonrası hasta 10 dakika kadar dizleri bükülü bir şekilde sırt üstü yatırılır. Takiben normal odaya alınan hasta 30-60 dakika içinde taburcu edilir. 3 gün boyunca ağır iş yapmaması ve cinsel ilişkiye girmemesi önerilir. Embriyo transferinden 12 gün sonra kanda gebelik testi yapılır.